Sultan Yahya memindahkan ibu kota dari Senapelan ke Mempura kerana pertikaian antara beliau dengan Sayyid Ali. Sayyid Ali mendapat sokongan daripada Tengku Muhammad Ali kerana merupakan panglima besar baginda semasa beliau menjadi sultan dahulu dan juga merupakan anak saudari beliau sendiri. Dengan sokongan daripada pembesar-pembesar kerajaan, Sayyid Ali berjaya menyingkirkan Sultan Yahya yang dianggap lemah dan tidak cakap dalam memerintah. Sultan Yahya kemudian melarikan diri ke Kampar, kemudian Trengganu, hingga akhirnya mangkat di Dungun, Melaka pada tahun 1791.[1]